本項目秉承2017年公布的「可持續大嶼藍圖」內「北發展、南保育」的總體原則，由可持續大嶼辦事處負責統籌、規劃和推行各項計劃，以平衡大嶼山的保育和發展。東涌新市鎮擴展計劃是可持續大嶼辦事處其中一個房屋及經濟發展項目，在建築過程中展現了卓越的可持續發展及建築成果。
東涌新市鎮擴展是首個採用深層水泥拌合法鞏固海泥以建造海堤的公共工程。這個方法能避免棄置440萬立方米海泥及減少海上運輸達17,600船次，以減低對中華白海豚棲息地的影響。
東涌新市鎮擴展是香港首個工程項目要求承建商於泥頭車安裝全球定位系統(GPS)，以即時追綜建築廢料去向，避免破壞大嶼山的生態。專責的環境小組會監測泥頭車的去向，倘若發現懷疑非法傾倒活動，會即時向當局滙報並採取糾正行動。
東涌新市鎮擴展是香港首個填海工程項目採用生態海岸線。工程團隊在東涌東填海區海堤上設置生態海岸線，盡可能模仿自然潮間帶的設計，從而形成完整的潮汐生態系統，為海洋物種提供一個適合生長的棲息地。